Supernova: "Charon" Protocol je vertikalna pucačina s bitkama protiv vodećih brodova
Brod puca sam, tako da gotovo uvijek izbjegavate neprijateljske metke. Ruta ide od Zemljine orbite do pukotine u praznini i prolazi kroz 11 sektora. Svaki sektor ima svoje nebo, svoje prepreke i svoje valove neprijatelja. Ako nakon Star Winga želite pucačinu s kampanjom i hangarom između letova, ovdje možete pronaći oboje.
Perjanica na kraju sektora
Svaki sektor završava borbom s perjanicom, a ta bitka ima nekoliko faza. Glavne kupole mogu se oboriti jednu po jednu, a sa svakom oborenom kupolom smanjuje se vatra. Igra će oprostiti jednu grešku u ovoj borbi, ali ne i drugu.
Devet buradi i hangar
U igri postoji devet vrsta oružja: Pulse, Spread, Laser, Missiles, Plasma, Arc, Wave, Boomerang i Railgun. Svaki od njih ojačava se izravno u borbi. Za bitke dobivate kredite, a između letova ih trošite u hangaru. Ima 6 trupova, dronove, odjeljak za bombe, let za pratnju i 6 skinova. Za vještinu u borbi, igra daje medalje i ordene, ukupno 20.
Gusta vatra neprijatelja poznata je iz Neon Space Shootera, ali ovdje postoje dva alata protiv nje. Fokus smanjuje brzinu za pola i prikazuje područje gdje su meci pogodili. Bomba čisti zaslon od neprijateljskih projektila. Kampanja se može završiti na jednoj od tri razine težine ili s dva igrača za istom tipkovnicom.