U Pokemon Battle Labyrinthu vodit ćete svog Pokemona kroz posebno izgrađeni labirint gdje može usavršiti svoje borbene vještine. Pod vašim vodstvom, Pokemon će se kretati kroz labirint, svladavajući razne prepreke i zamke i skupljajući razne korisne predmete. Nakon što ste upoznali protivnike, morat ćete upotrijebiti borbene vještine heroja da ga uništite u borbi. Čim neprijatelj umre, dobit ćete bodove u igri Pokemon Battle Labyrinth.